南蘇丹的基督信仰歷史與蘇丹的緊密相連。南蘇丹於2011年7月9日脫離蘇丹，成為一個年輕的非洲國家。

當地的基督信仰最早於第六世紀由拜占庭教會傳入。之後，當地教會被納入亞歷山大科普特禮宗主教會。基督信仰興盛的努比亞王國於十四世紀初滅亡後，當地的基督信仰幾乎完全消失，只剩下少數幾個方濟各修會團體留在該地區。

十九世紀下半葉，意大利傳教士聖金邦尼（Daniel Comboni）再次把基督信仰帶入這片土地，在蘇丹，特別是在南蘇丹的範圍內重建教會。金邦尼會會士活潑的傳教工作，促成基督信仰於1901年至1964年蓬勃發展。南蘇丹人民因而擁有強烈的民族認同感，意識到自己有別於居住在北方的阿拉伯人和穆斯林。

在蘇丹脫離英屬埃及的統治後，南蘇丹人民極力反抗喀土穆所推行的伊斯蘭化和阿拉伯化政策。那裡於1955年至1972年，以及1983年至2005年先後爆發了兩次內戰，最終南蘇丹於2011年在公投後獨立建國。

如今，半數以上的南蘇丹人民被認為是基督徒，其中以天主教徒居多，佔總人口的五成二，其次是聖公會、長老會和其他基督新教團體的信徒；而東正教徒的占比則不到百分之一。此外，也有一大部分的居民信奉的是非洲的傳統宗教信仰。某些消息稱，該國人民其實多半信奉非洲傳統宗教。

南蘇丹獨立以來，當地教會就享有完整的宗教自由，在重整教會團體和推動牧靈工作方面不受任何限制。南蘇丹憲法明確承認敬禮活動的自由和各宗教間的平等，且南蘇丹與聖座有外交關係。

進一步說，當地政治人物在一些場合表揚了教會對和平與建設國家的支持，讚賞教會在南蘇丹的人性、社會和公民發展上作出貢獻。然而，這些年偶爾也有摩擦，當局試圖壓制教會發出的批評聲音。2014年，當時執政的蘇丹人民解放軍下令暫時關閉若干天主教廣播電台，指控他們干預國家政治事務，因為他們評論了2013年爆發的新一輪內戰。

和平是南蘇丹教會持續關注的焦點。天主教會和南蘇丹基督教協會（SSCC）直到今天仍在合作推進對話，在當前的政治紛爭和種族衝突中促進治癒及和解。

教宗方濟各再三表現出他持續關懷受苦的南蘇丹人民。這些年來，他多次為該國的和平發出呼籲，也推動了許多意義深遠的舉措。比方說：教宗於2017年11月23日在聖伯多祿大殿為南蘇丹和剛果民主共和國主持祈禱禮儀；以及，他邀請眾人於2018年2月23日為該國祈禱。

2017年夏天，教宗方濟各推動了「教宗支持南蘇丹」計劃，為支援該國的醫療衛生、教育和農業項目提供約50萬美元的經費。2019年4月11日，教宗方濟各和聖公會韋爾比（Welby）總主教邀請南蘇丹民政和教會最高領導人一起在梵蒂岡參加避靜。在避靜結束時，教宗在聖瑪爾大之家做了意義極為重大的舉動：他俯下身來親吻總統基爾（Kiir）及其政敵馬查爾（Machar）的腳，為和平而懇求。

2021年7月9日，教宗方濟各與聖公會韋爾比總主教和蘇格蘭教會領導人華萊士（Jim Wallace）向南蘇丹領導人發表聯合聲明，為在和平進程上取得的進展表示欣慰，並重申需要「更大的努力」讓南蘇丹人民能「享受到獨立的完整成果」。

2022年7月2日，在宣布了延遲訪問剛果民主共和國和南蘇丹後，教宗方濟各向這兩個國家的人民發表視頻訊息，敦促他們不要讓人「偷去希望」。