6月25日，教宗方濟各在亞美尼亞牧靈訪問的第二天先後參觀了亞美尼亞大屠殺紀念館，前往九姆里主持彌撒聖祭，並探訪亞美尼亞之母會院以及住在那裡的孤兒們。
亞美尼亞大屠殺紀念館位於首都埃里溫附近的燕子山，紀念百年前奧斯曼帝國屠殺事件的150萬名罹難者。對所有亞美尼亞人而言，這是無法抹滅的殉道的標記，他們稱那次大屠殺為「窮凶惡極」的大災難。
教宗方濟各在亞美尼亞宗徒教會卡雷金二世宗主教的陪同下抵達大屠殺紀念館，受到薩爾基相總統的熱切歡迎。教宗在紀念碑前獻上了一個黃白兩色的花圈，靜默祈禱良久。隨後，他來到永不熄滅的紀念火焰前，與卡雷金二世宗主教一同祈禱。
眾人誦唸《天主經》，詠唱獻給聖額我略啟蒙者的聖歌，並聆聽了兩段聖經章節，之後教宗誦唸禱詞說：「基督，因著祢的諸位聖人和今日所紀念之人的哀禱，求祢俯聽我們。上主，求祢俯聽我們、垂憐我們、寬恕我們，補償且寬恕我們的罪過。求祢使我們堪當懷著感恩之情光榮祢。」
教宗接著來到紀念館的花園，象徵性地種下一棵樹，鏟土並澆水，以紀念他的這次訪問。最後，教宗在紀念館的貴賓冊上簽名，並留言寫道：「我在這裡滿心沉痛地祈禱，願這類悲劇不再發生，願全人類永誌不忘，懂得以善制惡。記憶不該淡化或遺忘，記憶是和平之泉、未來之源。」
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