2016年10月2日上午,教宗方濟各告別格魯吉亞首都第比利斯,繼續前往他此行的第二站阿塞拜疆訪問。教宗的座機於上午9點30分抵達阿塞拜疆首都巴庫國際機場,受到該國副總理的迎接。正式歡迎禮則於下午在總統府舉行。
教宗只在阿塞拜疆訪問一天,因此行程安排非常緊湊。離開機場後,教宗直奔巴庫慈幼會中心,在那裡的聖母無染原罪堂為該國天主教徒主持彌撒。下午,教宗前往阿塞拜疆總統府接受正式歡迎,禮貌拜會該國總統伊利哈姆·蓋達爾·奧格雷·阿利耶夫(Ilham Heydar Oglu Aliyev),並到蓋達爾·阿利耶夫中心會晤政治當局。
之後,教宗仍在蓋達爾·阿利耶夫中心與高加索穆斯林酋長進行私人會談,並會晤該國其它宗教團體的領導人。傍晚7點,教宗結束阿塞拜疆訪問,乘座機離開巴庫,返回羅馬。