教宗方濟各在慈悲禧年結束之際發表《慈悲與憐憫》（Misericordia et Misera）宗座牧函，強調「今天正是慈悲的時代」。這份牧函於2016年11月21日公諸於世，其中涵蓋4大創新：
1.所有司鐸從今以後都有權為墮胎者施行罪赦；
2.慈悲使者將繼續履行他們的使命；
3.聖庇護十世團體的信徒將能通過聖事繼續有效地獲得罪赦；
4.最後是建立世界窮人日。
罪人與慈悲的相遇
教宗方濟各把耶穌與罪婦的相遇作為慈悲禧年的圖像，闡明這圖像所表達的「不是罪與公義的一次抽象會晤，而是罪婦與救主相遇」，正如聖奧斯定所言，是「罪人與慈悲」的相遇。
耶穌重新把愛置於梅瑟法律的中心
經師和法利塞人向耶穌提出一個具有挑釁性的問題，他們說依照梅瑟法律該用石頭砸死這樣的婦人。但耶穌卻回到「梅瑟法律的原本真意」，説明這法律的核心不是規則和法定的公義，而是天主的愛。天主洞悉每個人的心，了解每個人最隱秘的渴望。天主的愛應在萬有之上。
就這樣，耶穌注視著那婦人的眼睛，看透她的心靈:祂看到那婦人渴望被理解、被寬恕且成為自由的人。她一蒙受慈悲，即使因罪仍舊處於軟弱的狀況，卻能因蒙受了愛而看得更遠，度不同的生活。
法律的啟蒙作用
教宗解釋，任何法律和規則都無法阻止天主再次擁抱祂的子女，因為他們承認自己錯了並回到父親身旁，決意重新做人。倘若我們只停留在法律層面，那就抵消了信德和天主慈悲。法律具有一種啟蒙作用（迦3:24），法律的目的就是愛（弟前1:5）。
基督徒蒙召活出福音的新意，在基督内活出『生命之神的法律』（羅8:2）。即使在最複雜的情況下，有一種只求規範的公義試圖占據上風時，我們也要相信那來自天主恩寵的力量。
任何人都不能給天主的慈悲設限
教宗表明，我們任何一個人都不可給慈悲設限；慈悲總是天父無償的舉動、一份無條件的愛。無論我們是否有功勞，都能蒙受慈悲。天主藉著愛進入每一個人的生命，我們不可阻攔天主施予愛的充分自由。慈悲正是愛的具體行動，在寬恕的同時，也轉換和改變人的生命。
在技術至上經常處於支配地位的當今文化中，似乎也增加了悲傷、孤獨和絕望，我們需要希望和真正喜樂的見證人，藉此驅逐那些幻想，它們承諾的只是人工樂園，一種垂手而得的幸福。
讓慈悲傾注於整個世界
我們度過了轟轟烈烈的一年，其間我們領受了豐厚的慈悲恩寵。上主的仁愛和慈悲有如一股有益的大風吹拂著整個世界。現在，我們應跟從聖神繼續在這條路上行走；聖神總是為我們指出新道路，幫助我們把救恩的福音帶給所有人。教宗重申，慈悲處在感恩祭和天主聖言的中心地位，邀請我們利用禮儀年的一個主日深入研究聖經。
聽告解司鐸應本著接納、明確及慷慨的態度施行寬恕
教宗特別提到修和聖事，指出在基督信仰生活中必須恢復修和聖事的重要地位。在修和聖事中，我們感受到天父的擁抱，祂前來會晤我們，恢復我們重新做祂子女的恩寵。司鐸必須接納眾人，即使人犯了嚴重的罪，司鐸也應做個懷有父愛的見證人；司鐸應殷勤地幫助人反省自己的過錯；明確提出道德原則；樂於陪伴信友走懺悔之路，耐心跟隨他們成長的進度；應有遠見，分辨每一種個別情況；慷慨地施行天主的寬恕。
面對犯了奸婬罪的婦人，耶穌選擇了保持沉默，使她免於被處死。聽告解的司鐸也應像耶穌那樣寬宏大量，意識到每個悔罪者都在提醒他本人所在的相同處境：他是罪人，但也是慈悲的執行者。因此，24小時奉獻給天主祈禱活動仍然是一項強而有力的牧靈工作，幫助信友們妥善辦告解聖事。
慈悲使者繼續他們使命
教會在禧年當中藉著慈悲使者的服務體驗了恩寵的生活。教宗因而宣布，這項卓越的使命在聖年結束後也將繼續存在，使它作為禧年的恩寵，繼續活躍及有效地臨在於世界各地。宗座推廣新福傳委員會將為履行這項珍貴的使命找到更相應的方式。
所有司鐸都能赦免墮胎的罪
在請求修和者與天主寬恕之間不應存在任何阻礙，教宗因此授權所有司鐸，從今以後在他們的職權中也有權赦免那些實施墮胎者的罪。教宗曾在禧年中授予司鐸這一權力，現在又將這權力延長了時間。他竭盡全力地強調，墮胎是一宗嚴重罪行，因為它結束一個無辜者的生命。他也同樣表明，倘若一顆懺悔的心靈請求與天父和好，則沒有任何一個罪是天主慈悲所無法抵達及予以摧毀的。
聖庇護十世團體:有效的告解聖事
在慈悲禧年結束後，那些因各種原因常去聖庇護十世團體的教堂參加禮儀的信徒，也能通過聖事有效且合法地獲得罪赦。為了這些信徒的牧靈益處，教宗信賴他們的司鐸的善意，希望能在天主的助佑下恢復天主教會内的圓滿共融。
困境中的家庭
教宗再次念及家庭，他表明天主不厭其煩地接納和陪伴人類，因此教會也應該以天主的愛關注人類的各種困境。教宗要求司鐸們具備認真、深刻和有遠見的靈性分辨，使任何一個人，無論他的生活處境如何，都能具體地感受到天主的接納，積極參與教會團體的生活，加入天主子民的行列。
世界窮人日
教宗表示，禧年結束了，聖門也已關閉，但我們心靈的慈悲之門仍將大大敞開。我們看到了天主俯身餵養我們（歐11:4），為使我們也效法祂俯身去服事弟兄姐妹，尤其是窮人和受苦者。我們不可忘記窮人；為此，教宗通令整個普世教會把常年期第33主日定為世界窮人日。只要拉匝祿還躺臥在我們的門前（路16:19-21），世界就不會有公義及和平。
發揮慈悲的想象力,掀起一場真正的文化革命
最後，教宗勉勵我們發揮慈悲的想象力，通過日常生活中微小的舉動，讓仁慈及溫柔對待弱小和無自衛能力者、孤獨和被遺棄者的具體標記能在整個世界掀起一場真正的文化革命。
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