2019年11月23日，教宗方濟各在日本牧靈訪問行程中的首項活動是在宗座大使館接見該國的29位主教，提醒他們「保護所有生命和宣講福音」同屬一個使命。日本全國共有3個教省總教區和13個省屬教區。先教宗聖若望保祿二世曾於38年前訪問了這個國家。
教宗方濟各在講話中首先感謝日本教會的盛情接待，表明他年輕時就愛上這片土地，一心想去那裡傳教。「今天，上主給我機會，讓我以朝聖使徒的身份，沿著信德偉大見證者的足跡來到你們當中」。教宗提到，470年前聖方濟各沙勿略來到這片土地傳播基督信仰，後來聖保祿三木（Paolo Miki）及同伴和真福高山右近（Justo Takayama Ukon）歷經許多考驗，為信仰殉道。
教宗也談到:「長崎地區『隱身的基督徒』，他們透過聖洗、祈禱和要理傳授保持了信仰並使之代代相傳。這些真正的家庭教會就如納匝肋聖家那樣在這片土地上閃閃發光，也許這些家庭並未意識到這一點。今天，日本基督徒努力使上主的記憶繼續臨在。這是一種默默的臨在和一個鮮活的記憶，提醒我們在有兩個或更多的人因基督之名聚在一起的地方，祂就臨在於他們中間。（參閲：瑪十八20）」
教宗提到他這次牧靈訪問的格言「保護所有生命」指出:「這正好象徵著主教的牧職。上主在祂的子民當中召叫主教，為的是讓他在子民當中做保護所有生命的牧人，這在一定程度上決定了我們必須努力的方向。日本教會的使命乃是尋求福音本地化和與其它信仰傳統對話，形成有別於歐洲的福傳方式。」
「保護所有生命與宣講福音彼此之間既不分離，也不對立：它們彼此呼應，互為需要。兩者都意味著要留意和警惕如今在這片土地上可能阻止人類整體發展的一切事物，因為人是依照耶穌的福音而被託付。」
教宗繼續表示:「在日本的教會是一個小團體，天主教徒屬於少數群體，但這不該減弱你們在這特殊的環境中為福傳所作的努力。這個教會該當在日常生活中作出卑微的見證，同時與其它宗教傳統對話。例如，款待和照顧衆多外籍勞工不僅有益於在日本社會為福音作見證，也是教會普世性的明證，表示我們與基督的共融遠遠勝過任何其它的關係或身份認同，也能夠觸及各種生活現況。」
「此外，教會應以更大的自由談論今日世界有關和平與正義的迫切問題。我們不要害怕將那能發聲的使命在這裡和全世界向前推進，而且勇敢維護每個人的生命，將生命視為上主賜予的寶貴恩典。」
教宗也談到危害一些人生命的不同禍害:「他們因孤獨、失望和處於隔離狀態而痛苦萬分。社會中自殺和霸淩的數字在增長，惟我獨尊的各種形式正在製造新的精神錯亂和在心靈上迷失方向。這些禍害尤其殃及青年，因此主教們應特別關心他們，幫助他們向無償和利他主義的愛開放。」
教宗對主教們說:「教會在日本社會中莊稼多而工人少，因此我鼓勵你們努力開拓和增進一種能讓家庭參與的使徒工作，推動一種能對人產生影響的培育，同時考慮到現實狀況。換言之，各種使徒工作的起點應以人群所在的場所、他們的習俗和職業為準則”。教宗最後重申，他此行的目的是為堅固信友們的信德，同時也願親自碰觸許多殉道者的足跡，使自己得到更新。
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