教宗方濟各於9月6日上午當地時間10點37分乘印尼航空公司的專機離開雅加達，前往這次亞太四國訪問的第二站巴布亞新幾內亞。教宗當天早晨舉行了私人彌撒後，便離開聖座駐雅加達使館前往飛機場。沿途中，許多青年和抱著孩子的母親們向他熱情地揮手告別。

來到蘇卡諾-哈達國際機場後，印尼政府代表團已在那裡迎候，站在儀仗隊一旁的宗教事務部部長庫馬斯（Yaqut Cholil Qoumas）問候教宗，感謝教宗的來訪。蘇哈約（Ignatius Suharyo Hardjoatmodjo）樞機也前來機場歡送教宗。教宗坐著輪椅降福了走近向他鞠躬的人。

專機起飛後，教宗拍發電報給印尼總統維多多（Joko Widodo），對他在這幾天中受到的“協助和眾多的友愛舉動”，向印尼當局和該國全體人民深表感激之情。教宗表示，必會懷著深情記得這個國家，並祈求天主予以豐沛的降福。