基於時間安排以及為確保能有更深入的探討，與會樞機需在四個主題中選擇其中兩項。其餘兩個候選主題分別是「禮儀」，以及「《你們要宣講福音》宗座憲章，關於聖座部會及對地方教會的關懷」。
聖座新聞室主任布魯尼（Matteo Bruni）在晚間向記者舉行的簡報會中解釋說：「未被選中的主題並非遭到忽視。」他補充指出：「教宗收到了關於某些主題迫切性或其被感受到之必要性的回饋；將會找到方式，可以在其他主題中一併加以討論。」他此番說明，是回應多位記者不斷追問為何本次未將「禮儀」列為討論主題之一的提問。
共議方法
在下午的工作中，共議性不僅是一個反思主題，更成為實際採用的工作方法：以對話與聆聽為核心，所有與會者圍坐於圓桌旁，依語言分為二十個小組，每人發言時間約三分鐘。這基本上延續了近兩屆世界主教代表會議關於共議性所採用的程序。
事實上，正如教宗向樞機們所指出的那樣：「共議性是天主對第三千年教會所期待的道路。」在當天會議結束時，教宗也對樞機們表示：「我感到需要依靠你們。」
同時，教宗也請求所有與會者對內部討論內容保持適當的保密，以確保在交流與分辨中，能享有最大的自由與坦誠。
小組工作
更具體而言，非常務御前會議的第一部分在世界主教會議大廳舉行，進行開場環節，由獻身生活會及使徒生活團部代理部長范達民（Ángel Fernández Artime）樞機主持。程序包括詠唱《求造物主聖神降臨》（Veni Creator）、誦讀《馬爾谷福音》第六章的一段經文、兩分鐘的靜默、樞機團團長雷（Giovanni Battista Re）樞機的簡短致詞，以及道明會會士拉德克里夫（Timothy Radcliffe）樞機的默想。
約在下午4時20分至6時之間，樞機們隨後移師至保祿六世大廳進行小組工作。教宗並未參與小組討論，而是在最後返回，聆聽各組的總結報告。由於時間有限，只有前九個小組的秘書，這些小組主要由來自地方教會的樞機組成（至於在羅馬聖座部會服務的樞機，教宗如他本人所言，較容易另行徵詢）能在短時間內介紹小組的討論成果，以及促使他們在四個主題中選出兩個作為反思重點的原因。其餘十一個小組的秘書，則僅提交所選主題的標題。
1月8日上午時段繼續討論與反思，並以教宗與樞機們在聖伯多祿大殿宗座之座祭台（Altare della Cattedra）共祭彌撒作為開始。下午將舉行第三次會議並作總結。
正如教宗在致詞中所指出的，本次會議將不會發表最終文件，因為此次會議的目標是學習一種風格 — 團體性與共議性的風格 — 好能「一起工作」並「創造新的事物」。
教宗良十四世的總結講話
教宗在其總結發言中再次強調，過程與結果同樣重要，並重申「共議性的經驗」至關重要，因為唯有如此，才能一同分辨聖神今日及未來為教會所指引的旨意。他指出：「時間非常短暫，但這段歷程同樣對教宗本人而言意義重大：我感到有必要仰賴你們。我們是一起召叫這位僕人承擔這項使命的，因此我們一同分辨是極其重要的。」
在發言中，教宗重提了他於前一日主顯節彌撒講道中的多個重點，其中包括那個發人深省的提問：「我們的教會裡還有生命嗎？」
教宗良十四世所期盼的，是一個傳教的教會，一個「目光超越自身」的教會；因為教會存在的根本理由，正是宣講福音。
拉德克利夫樞機的默想
在他的默想中，拉德克利夫 (Timothy Radcliffe) 樞機同樣從一個問題出發：「我們聚集在這次非常務御前會議中，是為了在教宗履行其服務普世教會的牧職時，向他提供協助；但我們該如何做到呢？」
樞機以《若望福音》為靈感給出了答案：和平與愛。他表示：「如果伯多祿之舟上滿載的是彼此爭吵的門徒，我們對聖父將毫無助益；但若我們彼此生活在和平與愛中，即使出現分歧，天主也將真實地臨在，即便祂似乎顯得缺席。」
樞機也將目光投向當前的時代：這是一個充滿「可怕風暴」的時期，其特徵包括「日益加劇的暴力，從武裝犯罪到戰爭」、貧富差距不斷擴大、第二次世界大戰後建立的全球秩序逐步瓦解，以及人工智能的發展，其後果仍難以預料。他直言：「如果我們還沒有感到不安，那我們就應該不安了。」
面對這一切，我們可能感到「孤單、被消磨、精疲力竭」，但拉德克利夫樞機安慰眾人說：「我們不必害怕；耶穌正守望著我們，並且會比以往任何時候都更加親近我們。」這同樣適用於教會，一個也因「性侵害的醜聞與意識形態的分裂」而被「風暴」所震撼的教會。
樞機鼓勵說：「天主召叫我們在這些風暴中航行，以真理與勇氣去面對，而不是怯懦地留在岸邊等待。如果我們在這次會議中這樣做，我們就會看見祂向我們走來；若我們躲藏在岸上，我們便不會遇見祂。」
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