教宗方濟各在印尼訪問的第二天，即9月3日當地時間上午11點30分，在雅加達的聖座大使館與他的二百位同會弟兄會晤。按照慣例，教宗在每次的國際牧靈訪問中都會私下與同會的耶穌會士會晤，此次會晤時長大約一個小時。期間，教宗也回答了會士們的幾個問題。會晤結束後，聖座文化教育部副秘書長習安東（Antonio Spadaro）神父接受本新聞網的採訪，簡要地講述了此次會晤的情況。

習安東神父表示，此次會晤溫暖而親切。他說:“教宗始終在輕鬆的氣氛中，他有賓至如歸的感受。”教宗看到眼前如此多的年輕的同會會士表示出驚訝與喜悅之情。

習安東神父說，期間，教宗談到了耶穌會以及辨別與祈禱的重要性。最年輕的那一批會士向教宗提出了哪裡找得到時間祈禱的問題，教宗則與他們分享了一些軼事。所有的話題都與其它在印尼的重要議題交織在一起，“例如，他積極倡導的宗教間對話或信仰本地化”。

教宗此次亞太四國牧靈訪問的行程中，將會有另外兩次與耶穌會士的會晤，一次是在東帝汶，最後是在新加坡。

教宗與耶穌會士會晤的完整記錄通常會在他返回羅馬幾週後，發表在耶穌會主辦的《公教文明》期刊上。